Для того, чтобы сохранить архивную копию сайта, Вам нужно отметить те части сайта, которые Вам нужно сохранять (файлы контента - то, что редактируется через визуальный редактор раздела "Структура", Таблицы БД (если у Вас есть магазин или новостная лента и т.п.) и/или системные файлы)

Убедитесь, что вы проставили права на запись 777 для всего сайта. Сделать это можно в разделе "Системные действия" кликнув по ссылке "Установить полные права на файлы"

После этого кликните по ссылке "Восстановить" нужной версии архивной копии сайта.