1- Determinar el color de fondo con GIMP y la herramienta: Color Picker Tool

2- En la parte inferior izquierda se presiona click sobre el color previamente adquirido con el Color Picker
y en la pequeña ventana que aparece se puede ver el HTML notation. Ejemplo: 61442b

3- Descargar e instalar ImageMagick: http://www.imagemagick.org/

4- Abrir CMD (Si usas windows) y la terminal (Si usas Linux).

5- Navegar hasta la carpeta donde se descargaron y descomprimieron las imágenes.

6- Si se desea convertir y quitar el fondo de las imágenes en grupos, se usa el siguiente comando:

mogrify -format png -transparent #61442b *.bmp

Nota: Se debe colocar el valor del HTML notation obtenido en GIMP después del signo #.

7- Si solo se desea convertir una imagén a PNG y dejarla en fondo transparente se usa el siguiente comando:

convert attack.bmp -transparent #61442b file.png

Nota: Se debe colocar el valor del HTML notation obtenido en GIMP después del signo #.

Referencias:

http://superuser.com/questions/340098/batch-convert-a-bmp-to-a-png-with-transparency

http://graphicdesign.stackexchange.com/questions/16120/batch-replacing-color-with-transparency

http://superuser.com/questions/26935/convert-a-bunch-of-bmp-files-to-jpeg-on-linux