HTTPS SSH

Protein-Ligand Pocket Similarity

V živých organizmech probíhá většina signalizace na bázi chemických interakcí. Na povrchu buněk se nacházejí proteiny, na něž se váží malé molekuly (ligandy), čímž spouští nebo zastavují řadu buněčných procesů... Komplex tvořený proteinem a ligandem je vstupem pro podobnostní metodu, jež nalezne další proteiny spolu s místy (pockety), kde se může daný ligand vázat.

Jelikož je dotazem celý protein-ligand komplex, dává metoda odpověď na dvě otázky. V první přímo hledáme další pockety pro zadaný ligand, v lékařství to odpovídá zjišťování vedlejších účinků léků. Pokud naopak uvažujeme ligand jako pocket naruby, můžeme pro vstupní proteinový pocket nacházet ligandy, které se zde mohou vázat. Tímto způsobem lze přímo hledat další účinné látky schopné interagovat v pocketu proteinu.

Úkolem bude ověřit výsledky metody na známých datech a navrhnout případná vylepšení.

Směry, které mě napadly:

  1. Najít optimální "level of detail" u pocketů a identifikovat určující fyzikálně-chemické vlastnosti atomů.
  2. Podle složení vstupního ligandu měnit váhu vlastností. Tím lze vynechat irelevantní nebo naopak zvýraznit důležité vlastnosti.
  3. Protože se pocket v průběhu vázání ligandu může měnit, zahrávám si pořád s myšlenkou dockingu. Napadla mě možnost započítat také podobnost neobsazených pocketů, tedy zjišťovat, jestli vůbec může interakce s ligandem začít. Nejsem si ale jistý, jak by to šlo realizovat. Jednak je potřeba dvou PDB souborů a nevím, jestli je možné spárovat atomy v těchto v souborech. Musím pořádně prozkoumat PDB formát.