Неправильно показывает содержимое диффов

Диффы правильно показываются только когда текущая директория - это корневая директория репозитория (где лежит .git). Если опуститься уровнем глубже, то staged/unstaged остаются правильные, а диффы становятся пустыми. git diff в обоих случаях работает правильно.