multovl  1.3
Multiple overlaps of genomic regions
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multovl::io::GffLinereader Member List

This is the complete list of members for multovl::io::GffLinereader, including all inherited members.

_chrom (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderprotected
_commentmultovl::io::Linereaderprotected
_errmultovl::io::Linereaderprotected
_fieldcntmultovl::io::Linereaderprotected
_first (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderprotected
_last (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderprotected
_name (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderprotected
_statusmultovl::io::Linereaderprotected
_strand (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderprotected
BedLinereader()multovl::io::BedLinereaderinline
chrom() const (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderinline
CLEAN enum valuemultovl::io::Linereader
COMMENT enum valuemultovl::io::Linereader
comment() const multovl::io::Linereaderinline
DATA enum valuemultovl::io::Linereader
EMPTY enum valuemultovl::io::Linereader
empty_white(const std::string &str)multovl::io::Linereaderprotectedstatic
ERROR enum valuemultovl::io::Linereader
error_msg() const multovl::io::Linereaderinline
fieldcnt() const multovl::io::Linereaderinline
first() const (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderinline
GffLinereader()multovl::io::GffLinereaderinline
last() const (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderinline
Linereader(const std::string &commentchars="#")multovl::io::Linereaderexplicit
name() const (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderinline
parse(const std::string &line)multovl::io::Linereader
parse_data(const std::string &line)multovl::io::GffLinereaderprotectedvirtual
read_into(Region &region) const multovl::io::BedLinereadervirtual
reset()multovl::io::BedLinereaderprotectedvirtual
set_statusflag(Status flag)multovl::io::Linereaderinlineprotected
Status enum namemultovl::io::Linereader
status() const multovl::io::Linereaderinline
str_to_uint(std::string &str)multovl::io::Linereaderprotectedstatic
strand() const (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderinline
~Linereader() (defined in multovl::io::Linereader)multovl::io::Linereaderinlinevirtual