CIM pour ne montrer que certaines variables selectionnees sur certaines composantes

Issue #26 resolved
Kim-Anh Le Cao repo owner created an issue

Francois: un proposal que l on ne fera pas pr cette update mais a discuter

with sPLS

data(liver.toxicity)

X <- liver.toxicity$gene Y <- liver.toxicity$clinic toxicity.spls <- spls(X, Y, ncomp = 3, keepX = c(20, 50, 50), keepY = c(10, 10, 10))

FB: le code ci dessous ne devrait montrer que 20 variables. par defaut la CIM sample plotter les 120 variables selectionnees sur les 3 comp, meme lorsque l on demande comp = 1 D?sol? mais la j'ai pas compris. J'ai r?utilis? la meme formule que dans l'ancien cim. est que je dois faire une selection sur les variables?

KA: oui en fait il y a une erreur de code ici: l282 (lis tout mon commentaire d abord)

comme tu vois le keep.X est applique sur toutes les composantes. mat$loadings$X est de taille p x H avec H = nombre total de composantes

il faudrait que tu changes ca pour mettre qqchose du type apply(abs(mat$loadings$X[, comp]), 1, sum) > 0

il faudra aussi que tu changes le keep.Y pour les methodes integratives sparses (spls)

if(class.object[1] %in% c("splsda","plsda",'mlsplsda')) {

keep.X = apply(abs(mat$loadings$X), 1, sum) > 0

cord.X = cor(mat$X[, keep.X], mat$variates$X[, comp], use = "pairwise")

X.mat = as.matrix(mat$variates$X[, comp]) }

et il faudrait rajouter un argument comp sur le help file

et en fait je comprends pas car comp n est meme pas en argument dans cim?? docn par defaut ca prendrait les variables

selectionnees sur toutes les composantes. makes sense.

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