Λοίμωξη είναι η κατάσταση που ακολουθεί την μόλυνση όπου τα μικρόβια έχουν προσκολληθεί σε ιστούς και πολλαπλασιάζονται σε τέτοιο βαθμό που προκαλούν την απόκριση του ανοσοποιητικού συστήματος. (φλεγμονές, πυρετό κτλ.) Ιογενή λέμε τη λοίμωξη που προκαλείται από κάποιον ιό Είναι Λοίμωξη (π.χ. η γρίππη), ενώ μικροβιακή αυτή που προκαλείται από μικρόβιο (π.χ. η πυώδης αμυγδαλίτιδα). Πολλές φορές ιδιαίτερα σε λοιμώξεις του αναπνευστικού, τα συμπτώματα μοιάζουν (πυρετός, βήχας, πιθανώς απόχρεμψη, καταρροή). Είναι πολύ σημαντικό να διακριθεί αν η λοίμωξη είναι ιογενής ή μικροβιακή, γιατί στη δεύτερη περίπτωση πρέπει να χορηγηθούν αντιβιοτικά, ενώ στην πρώτη (κατά κανόνα) όχι.