1. Mathieu Lajoie
  2. RED2

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Mathieu Lajoie  committed 182d68a

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Files changed (50)

File .hgignore

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+syntax: glob
+OUT/*
+*~

File Makefile

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+CXX=g++
+CPPFLAGS= -D ENDL=\"\\n\" #LINUX
+#CPPFLAGS= -D ENDL=\"\\r\\n\" #WINDOWS (NOT TESTED)
+
+###############################################
+CXXFLAGS= -Wall -O3 -ansi -pedantic
+#CXXFLAGS= -Wall -g -ansi -pedantic
+#CXXFLAGS= -Wall -O3 -ansi -pedantic -g -fno-inline -O0 #FOR DEBUGGING
+###############################################
+
+LDFLAGS= -lm
+OBJ = SOFT/obj/
+SRC = SOFT/src/
+
+red2: $(OBJ)main_global_analysis.o
+	$(CXX) $+ -o $@ $(LDFLAGS)
+
+$(OBJ)main_global_analysis.o: $(SRC)main_global_analysis.cpp $(SRC)scan_expression.h $(SRC)data_loader.h $(SRC)expression.h $(SRC)word.h $(SRC)stats.h $(SRC)motif_extract.h $(SRC)experiment.h $(SRC)seed_scan.h $(SRC)data_def.h $(SRC)quick_html.h $(SRC)compare_motifs.h $(SRC)print_motif_files.h $(SRC)results_manager.h $(SRC)regex_optimizer.h $(SRC)motif.h $(SRC)motif_cleaner.h $(SRC)distances.h  $(SRC)PWM_db.h $(SRC)PWM.h $(SRC)red2.h $(SRC)GO_extract.h
+	$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c $< -o $@	
+
+all: red2
+
+clean:
+	rm -rf $(OBJ)*.o
+
+

File README.txt

View file
  • Ignore whitespace
+############################################################################
+# Copyright 2012 CNRS / Université Montpellier 2                           #
+# Author: Mathieu Lajoie [2012/10/11]                                      #
+#                                                                          #
+# Contacts:                                                                #
+# mathieu.lajoie@gmail.com                                                 #
+# brehelin@lirmm.fr                                                        #
+#                                                                          #
+# This program comes with no warranty. It can be used and modified for     #
+# non-commercial academic research purposes only.                          #
+############################################################################
+
+#### CITATION ####
+
+If you use RED2 in your research, please cite : 
+
+  "Computational discovery of regulatory elements in a continuous expression space
+   M.Lajoie, O.Gascuel, V.Lefort and L.Brehelin
+   Genome Biology"
+
+
+#### INSTALLATION INSTRUCTIONS (Linux system) ####
+
+# The following commands must be run in the "RED2_v1.0" directory:
+
+# 1) Compile RED2 :
+
+make
+
+# 2) Compile the DrawPics program used to generate the pics :
+
+javac SOFT/java/*.java
+
+
+#### GETTING STARTED ####
+
+# 1) Run RED2 on a sample dataset
+
+./red2 -s SAMPLE_DATA/yeast_seq.fasta -e SAMPLE_DATA/gasch.csv -o OUT/
+
+# or simply use the sample configuration file with the "v" option :
+
+./red2 -v sample_yeast.cfg -o OUT/
+
+# 2) Generate the pics using the DrawPics java program
+
+java -cp SOFT/java/ DrawPics OUT/
+
+# 3) View the analysis results using a web browser
+
+google-chrome OUT/index.html &
+
+
+
+#### RED2 OPTIONS ####
+
+# RED2 requires that you provide arguments for at least these 3 options
+
+# "-s" : the sequence file
+# "-e" : the expression file
+# "-o" : the output directory fot the analysis (hundreds of files are generated)
+
+# To view the list of all the options and their default value :
+
+./red2 -h 
+
+# Most of these options are explained in the RED2 paper or in the web usersguide (see file "USERSGUIDE/usersguide.xhtml")
+
+# In addition, this standalone version allows the following options :
+
+# "-d " : specify a seed file (e.g. "OUT/seeds_all.txt") to start an analysis with if you want to try different optimization parameters only
+
+# "-m " : specify a motif file (e.g. "OUT/motifs_all.txt") to start an analysis with if you want to try different filtering  parameters only
+
+
+

File SAMPLE_DATA/MOTIFS_DB.zip

  • Ignore whitespace
Binary file added.

File SAMPLE_DATA/badis.matrix

View file
  • Ignore whitespace
+
+>ABF1_TRH1
+A 0.1081560284 0.0017730496 0.0017730496 0.0017730496 0.4060283688 0.2216312057 0.3918439716 0.3421985816 0.3989361702 0.4131205674 0.115248227 0.0017730496 0.9166666667 0.0017730496 0.3705673759 0.335106383
+C 0.4131205674 0.9875886525 0.0017730496 0.0017730496 0.1719858156 0.2358156028 0.1578014184 0.1790780142 0.2074468085 0.0017730496 0.25 0.0017730496 0.079787234 0.4485815603 0.2216312057 0.1790780142
+G 0.0372340426 0.0017730496 0.9946808511 0.0017730496 0.2216312057 0.2570921986 0.2783687943 0.2003546099 0.2429078014 0.5833333333 0.0868794326 0.8102836879 0.0017730496 0.0939716312 0.1790780142 0.1436170213
+T 0.4414893617 0.0088652482 0.0017730496 0.9946808511 0.2003546099 0.2854609929 0.1719858156 0.2783687943 0.1507092199 0.0017730496 0.5478723404 0.1861702128 0.0017730496 0.4556737589 0.2287234043 0.3421985816
+
+>ABF2_TRH1
+G 0.25 0.0178571429 0 0 0 1 0.0178571429 
+A 0.1785714286 0.0892857143 0 0 1 0 0.9464285714 
+T 0.1785714286 0.8035714286 0 1 0 0 0.0178571429 
+C 0.3928571429 0.0892857143 1 0 0 0 0.0178571429 
+
+>ACE2_TRH1
+A 0.445114 0.00686 0 0.897196 0 0 0.489557 
+C 0.287353 0.924112 1 0.102804 0 1 0.2005 
+G 0.214361 0.063312 0 0 1 0 0.174565 
+T 0.053172 0.005716 0 0 0 0 0.135378 
+
+>ADR1_v1_TRH1
+A 0.406675 0.001273 0 0 0 0.642138 0.341301 
+C 0.24165 0.996308 0.853403 1 1 0.059809 0.505578 
+G 0.13067 0.001304 0 0 0 0.202811 0.059999 
+T 0.221005 0.001114 0.146597 0 0 0.095242 0.093123 
+
+>ADR1_v2_TRH1
+G 0.1428571429 0.0595238095 0 0 0 0 0.2857142857 0.0476190476
+A 0.1904761905 0.7261904762 0 0 0 0 0.7142857143 0.2380952381
+T 0.5238095238 0.1547619048 0 0 0 0 0 0.0476190476
+C 0.1428571429 0.0595238095 1 1 1 1 0 0.6666666667
+
+>AFT2_TRH1
+G 0.2651515152 0.303030303 0 0 0 0 0 0.2727272727
+A 0.0833333333 0.696969697 0 1 0 0 0 0.0909090909
+T 0.2045454545 0 0 0 0 0 0 0.2121212121
+C 0.446969697 0 1 0 1 1 1 0.4242424242
+
+>ASG1_TRH1
+A 0.001396648 0.001396648 0.001396648 0.001396648 0.7220670391 0.5265363128
+C 0.7555865922 0.9958100559 0.001396648 0.001396648 0.1131284916 0.001396648
+G 0.001396648 0.001396648 0.9958100559 0.9958100559 0.1634078212 0.001396648
+T 0.2416201117 0.001396648 0.001396648 0.001396648 0.001396648 0.4706703911
+
+>AZF1_TRH1
+G 0.125 0 0 0 0.25 1 0.03125 0.0625 0.125 
+A 0.625 1 1 0.875 0.75 0 0.78125 0.8125 0.625 
+T 0.125 0 0 0 0 0 0.03125 0.0625 0.125 
+C 0.125 0 0 0.125 0 0 0.15625 0.0625 0.125 
+
+>CAT8_TRH1
+A 0.0016339869 0.0016339869 0.0016339869 0.0016339869 0.6617647059 0.3153594771
+C 0.9950980392 0.9950980392 0.0016339869 0.0016339869 0.1258169935 0.1781045752
+G 0.0016339869 0.0016339869 0.9950980392 0.9950980392 0.2107843137 0.2826797386
+T 0.0016339869 0.0016339869 0.0016339869 0.0016339869 0.0016339869 0.2238562092
+
+>CBF1_TRH1
+G 0.5277777778 0.0277777778 0 0 1 0 1 0.0555555556
+A 0.1944444444 0.0277777778 1 0 0 0 0 0.7222222222
+T 0.1944444444 0.0277777778 0 0 0 1 0 0.0555555556
+C 0.0833333333 0.9166666667 0 1 0 0 0 0.1666666667
+
+>CEP3_TRH1
+G 0.0394736842 0 0 1 1 0.0131578947 0.0263157895 0.2105263158
+A 0.0394736842 0 0 0 0 0.9078947368 0.9210526316 0.4210526316
+T 0.3552631579 1 0 0 0 0.0657894737 0.0263157895 0.1578947368
+C 0.5657894737 0 1 0 0 0.0131578947 0.0263157895 0.2105263158
+
+>CHA4_TRH1
+G 0.6770833333 1 0 1 1 0.2916666667 0.7604166667 0.1041666667
+A 0.21875 0 0 0 0 0.7083333333 0.21875 0.4791666667
+T 0.0520833333 0 0 0 0 0 0.0104166667 0.3125
+C 0.0520833333 0 1 0 0 0 0.0104166667 0.1041666667
+
+>CIN5_TRH1
+A 0.0014880952 0.1324404762 0.9955357143 0.1086309524 0.1979166667 0.0014880952 0.90625 0.9955357143 0.0193452381 0.150297619
+C 0.0014880952 0.0729166667 0.0014880952 0.537202381 0.15625 0.0014880952 0.0907738095 0.0014880952 0.1383928571 0.6979166667
+G 0.0907738095 0.2276785714 0.0014880952 0.0491071429 0.5788690476 0.0014880952 0.0014880952 0.0014880952 0.3764880952 0.0848214286
+T 0.90625 0.5669642857 0.0014880952 0.3050595238 0.0669642857 0.9955357143 0.0014880952 0.0014880952 0.4657738095 0.0669642857
+
+>CRZ1_TRH1
+A 0.201556 0.286035 0.366874 0.631234 0 0 0.003117 0.421755 0.074807 
+C 0.477983 0.21704 0.30201 0.356441 0 1 0.99072 0.295015 0.76413 
+G 0.177801 0.172824 0.221151 0.006838 1 0 0.003419 0.071026 0.082062 
+T 0.14266 0.324101 0.109965 0.005487 0 0 0.002743 0.212205 0.079001 
+
+>CST6_TRH1
+G 0.3157894737 0.0131578947 0.9078947368 0 0 0.9473684211 0 0.0789473684 0.1973684211 
+A 0.4736842105 0.0131578947 0.0131578947 1 0 0.0526315789 0 0.4473684211 0.4605263158 
+T 0.1052631579 0.9605263158 0.0657894737 0 0 0 1 0.1842105263 0.1973684211 
+C 0.1052631579 0.0131578947 0.0131578947 0 1 0 0 0.2894736842 0.1447368421 
+
+>CUP9_TRH1
+A 0.074627 0 0.835821 0.014925 0.910448 0 0.746269 0.402985 0.38806 
+C 0.104478 0 0 0.985075 0 0.641791 0.149254 0 0.134328 
+G 0.029851 1 0.089552 0 0.089552 0.089552 0 0 0.029851 
+T 0.791045 0 0.074627 0 0 0.268657 0.104478 0.597015 0.447761 
+
+>DAL80_TRH1
+G 0.0555555556 1 0 0 0 0.0138888889 0.75 
+A 0.1111111111 0 1 0 1 0.9027777778 0.0277777778 
+T 0.1666666667 0 0 1 0 0.0694444444 0.0277777778 
+C 0.6666666667 0 0 0 0 0.0138888889 0.1944444444 
+
+>DAL82_TRH1
+G 0.1447368421 0.0526315789 0.0263157895 0.4210526316 0 1 0 1 0.1052631579 
+A 0.5657894737 0.5263157895 0.3947368421 0.2631578947 0 0 0 0 0.1052631579 
+T 0.1447368421 0.3157894737 0.5526315789 0.2105263158 0.7368421053 0 0 0 0.1052631579 
+C 0.1447368421 0.1052631579 0.0263157895 0.1052631579 0.2631578947 0 1 0 0.6842105263 
+
+>DOT6_TRH1
+A 0.2504340278 0.0004340278 0.9986979167 0.0004340278 0.0004340278 
+C 0.42578125 0.0004340278 0.0004340278 0.0004340278 0.0004340278 
+G 0.0993923611 0.9986979167 0.0004340278 0.0004340278 0.9986979167 
+T 0.2243923611 0.0004340278 0.0004340278 0.9986979167 0.0004340278 
+
+>ECM22_TRH1
+G 0.0714285714 0.0714285714 0 0 0.8571428571 0.8571428571 0.0714285714 
+A 0.2857142857 0.1428571429 0 0 0 0 0.9285714286 
+T 0.2857142857 0.7142857143 0 0 0 0.1428571429 0 
+C 0.3571428571 0.0714285714 1 1 0.1428571429 0 0 
+
+>ECM23_TRH1
+A 0.3076241135 0.3342198582 0.7216312057 0.0984042553 0.9973404255 0.0257092199 0.0088652482 0.1409574468 0.3014184397 0.3173758865 0.3023049645 
+C 0.2544326241 0.2491134752 0.1081560284 0.0203900709 0.0008865248 0.0008865248 0.8953900709 0.1870567376 0.2304964539 0.25 0.259751773 
+G 0.2296099291 0.2171985816 0.0975177305 0.8643617021 0.0008865248 0.0008865248 0.030141844 0.1409574468 0.2127659574 0.2464539007 0.2242907801 
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+
+>EDS1_TRH1
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+C 0.5238095238 0 0 0 0 0.2380952381 0 0.0119047619 0.2023809524 
+
+>FHL1_TRH1
+G 0.9 0 0 1 0 0 0.175 0.15
+A 0 1 0 0 0 0.9 0.475 0.55
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+
+>FKH2_TRH1
+G 0.875 0 0 0 0 0 0 
+A 0.125 0 1 1 1 0 1 
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+C 0 0 0 0 0 1 0 
+
+>FZF1_TRH1
+G 0 0 0 0 0 0
+A 0 0 1 0 0 1
+T 0 1 0 1 0 0
+C 1 0 0 0 1 0
+
+>GAT1_TRH1
+G 0.1875 0.046875 1 0 0 0 0 0.84375
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+C 0.4375 0.421875 0 0 0 0 0 0.09375
+
+>GAT3_TRH1
+A 0.6476608187 0.0847953216 0.9195906433 0.1198830409 0.0292397661 0.0599415205 0.514619883 0.283625731 0.3230994152 
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+G 0.2032163743 0.8801169591 0.0014619883 0.0087719298 0.0116959064 0.0423976608 0.1812865497 0.2134502924 0.2119883041 
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+
+>GAT4_TRH1
+A 0.3552631579 0.3092105263 0.8026315789 0.0296052632 0.9769736842 0.0032894737 0.0032894737 0.0460526316 0.3980263158 0.2861842105 0.3322368421 
+C 0.2105263158 0.2565789474 0.0394736842 0.0032894737 0.0032894737 0.0032894737 0.9901315789 0.2828947368 0.2006578947 0.2598684211 0.2401315789 
+G 0.2368421053 0.1776315789 0.1184210526 0.9638157895 0.0032894737 0.0032894737 0.0032894737 0.0328947368 0.2269736842 0.2335526316 0.2138157895 
+T 0.1973684211 0.2565789474 0.0394736842 0.0032894737 0.0164473684 0.9901315789 0.0032894737 0.6381578947 0.1743421053 0.2203947368 0.2138157895 
+
+>GIS1_TRH1
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+
+>GLN3_TRH1
+A 0.0004537205 0.9986388385 0.0004537205 0.7427404719 0.6138838475 
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+
+>GZF3_TRH1
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+
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+
+>HAL9_TRH1
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+
+>HAP1_TRH1
+G 0 1 1 0.1052631579 0.5263157895 0.0394736842 0.0394736842 0.1052631579
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+
+>HCM1_TRH1
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+
+>HSF1_TRH1
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+
+>LYS14_TRH1
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+
+>MBP1_TRH1
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+
+>MET31_TRH1
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+
+>MET32_TRH1
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+>MIG2_TRH1
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+
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+
+>MSN4_TRH1
+A 0.8311965812 0.0021367521 0.0021367521 0.0021367521 0.0021367521 
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+T 0.0021367521 0.0021367521 0.0021367521 0.0021367521 0.0106837607 
+
+>NHP10_TRH1
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+A 0.2 0.075 0 0 0 0 0 0.675
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+
+>OAF1_TRH1
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+A 0.1071428571 0 0 0 0.5714285714 0.0714285714 0.6785714286 0.1428571429 0.5714285714 
+T 0.4642857143 0 0 0 0 0.0714285714 0.25 0.7142857143 0.1428571429 
+C 0.3214285714 1 0 0 0 0 0.0357142857 0.0714285714 0.1428571429 
+
+>PDR1_TRH1
+G 0.15 0 0 0.8666666667 0.0833333333 0.8833333333 0.8333333333 0.2166666667
+A 0.0833333333 0 0 0.1333333333 0.0166666667 0.0833333333 0.1 0.6166666667
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+C 0.2833333333 1 1 0 0.8833333333 0.0166666667 0.0333333333 0.0833333333
+
+>PDR8_TRH1
+G 0.3846153846 0 1 1 0 0.8461538462 0 0.0576923077
+A 0.3846153846 0 0 0 1 0.0769230769 1 0.1346153846
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+
+>PHD1_TRH1
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+
+>RDS2_TRH1
+G 0.1842105263 0 0 1 1 0.8552631579 0.6973684211 
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+
+>REB1_TRH1_flipped
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+
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+
+>RFX1_TRH1
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+
+>RGM1_TRH1
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+
+>STP4_TRH1
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+
+>SUM1_TRH1
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+
+>SWI4_TRH1
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+
+>SWI5_TRH1
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+
+>TBF1_TRH1
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+
+>TBS1_TRH1
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+
+>TEA1_TRH1
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+
+>TOS8_TRH1
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+
+>YPR013C_TRH1
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+
+>YPR022C_TRH1
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