Created by
Peter Sudmant
last modified
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##annotations and in some cases genome fastas
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/genomes
/ucsc
/ucsc
/{species}
/{release}
/database/
/fasta
/{release}.fa
/{release}.fa.fai
/ENSEMBL_to_UCSC.contigs
/UCSC_to_ENSEMBL.contigs
/liftover
/phyloP60way
/...
/ensembl
/{release}
/gtf
/{species}
/{species_ensembl_version}.gtf.gz
/UCSC
/{ucsc_version}.gtf
/{ucsc_version}.gff
/gtf.index
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##indexes, based on annotation (note, not GTFs
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/indexes
/ucsc
/ensembl
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