Source

RIntro / RIntroBrief.R

Full commit
### R code from vignette source 'RIntroBrief'

###################################################
### code chunk number 1: RIntroBrief.Rnw:14-22
###################################################
x = 1
x
y = rep('a',10)
y
z = rnorm(15)
z
z<0
z[z<0]


###################################################
### code chunk number 2: RIntroBrief.Rnw:28-40
###################################################
m = matrix(rnorm(100),ncol=5)
ncol(m)
nrow(m)
dim(m)
summary(m)
# first column of m
m[,1]
# first row of m
m[1,]
# get a big matrix from R
data(volcano)
dim(volcano)


###################################################
### code chunk number 3: RIntroBrief.Rnw:47-56
###################################################
cvec = rep(c('a','b'),each=10)
cvec
f = factor(cvec)
f
levels(f)
# we can change the levels of the factor
levels(f) = c('d','e')
f
as.character(f)


###################################################
### code chunk number 4: RIntroBrief.Rnw:61-67
###################################################
df = data.frame(m,f)
dim(df)
head(df)
colnames(df)
df$X1
summary(df)


###################################################
### code chunk number 5: RIntroBrief.Rnw:74-75
###################################################
plot(df[,1],df[,2],col=df$f,pch=2,main='A simple plot')


###################################################
### code chunk number 6: RIntroBrief.Rnw:80-83 (eval = FALSE)
###################################################
## source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
## library(BiocInstaller)
## biocLite(c('genefilter','qvalue'))


###################################################
### code chunk number 7: RIntroBrief.Rnw:88-89 (eval = FALSE)
###################################################
## help(package='genefilter')