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rgexf: Un paquete de R para armar archivos de grafos GEXF

El primer paquete de R en trabajar con archivos de grafo GEXF (utilizado en Gephi y otros). Utilizando la librería XML, permite al usuario leer/construir archivos de grafo de manera sencilla incluyendo, atributos, atributos visuales GEXF (tales como color, tamaño y posición), dinámicas de redes (para nodos y conexiones, incluyendo spells) y links ponderados. Los usuarios pueden construir/manipular grafos elemento-por-elemento or de manera masiva a través de data-frames, visualizar los grafos en web usando sigmajs (javascript) e interactuar con el paquete igraph. (Instalación)

Noticias

[2014-03-10] La versión 0.14.9 de rgexf está en CRAN. Resuelve los problemas 15 al 18.

[2013-05-09] La versión 0.13.05 de rgexf (transitoria) resuelve los problemas N 9 & 10. Se viene la próxima versión de CRAN.

[2013-03-14] La versión 0.13.14 de rgexf está en CRAN. Ahora soporta trabajar con spells!

[2013-01-04] La versión 0.13.01 de rgexf está en camino a CRAN. Mejoras significativas y nuevas capacidades!

[2012-06-19] La versión 0.12.06 de rgexf está en CRAN! Ahora puede ser descargada directamente desde R.

[2012-03-29] La versión 0.12.03.29 de rgexf ha sido lanzada incluyendo varias correcciones en el código. Por favor descargue la última versión para ver los cambios.

Ejemplo 1: Grafo estático

# Armando un grupo de individuos (matriz de nodos)
> people <- matrix(c(1:4, 'juan', 'pedro', 'matthew', 'carlos'),ncol=2)
> people
     [,1] [,2]    
[1,] "1"  "juan"  
[2,] "2"  "pedro" 
[3,] "3"  "matthew"
[4,] "4"  "carlos"

# Definiendo las relaciones
> relations <- matrix(c(1,4,1,2,1,3,2,3,3,4,4,2), ncol=2, byrow=T)
     [,1] [,2]
[1,]    1    4
[2,]    1    2
[3,]    1    3
[4,]    2    3
[5,]    3    4
[6,]    4    2

# Red simple
> write.gexf(people, relations)

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gexf xmlns="http://www.gexf.net/1.2draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.gexf.net/1.2draft http://www.gexf.net/1.2draft/gexf.xsd" version="1.2">
  <graph mode="static">
    <nodes>
      <node id="1" label="juan"/>
      <node id="2" label="pedro"/>
      <node id="3" label="matthew"/>
      <node id="4" label="carlos"/>
    </nodes>
    <edges>
      <edge source="1" target="4"/>
      <edge source="1" target="2"/>
      <edge source="1" target="3"/>
      <edge source="2" target="3"/>
      <edge source="3" target="4"/>
      <edge source="4" target="2"/>
    </edges>
  </graph>
</gexf>

Ejemplo 2: Red dinámica

# Definiendo estructura dinámica, notar que algunos nodos "no terminan" (NA).
> time<-matrix(c(10.0,13.0,2.0,2.0,12.0,rep(NA,3)), nrow=4, ncol=2)
> time
     [,1] [,2]
[1,]   10   12
[2,]   13   NA
[3,]    2   NA
[4,]    2   NA

# Armando un grafo dinámico
> write.gexf(people, relations, nodeDynamic=time)

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gexf xmlns="http://www.gexf.net/1.2draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.gexf.net/1.2draft http://www.gexf.net/1.2draft/gexf.xsd" version="1.2">
  <graph mode="dynamic" start="2" end="13" timeformat="double" defaultedgetype="undirected">
    <nodes>
      <node id="1" label="juan" start="10" end="12"/>
      <node id="2" label="pedro" start="13"/>
      <node id="3" label="matthew" start="2"/>
      <node id="4" label="carlos" start="2"/>
    </nodes>
    <edges>
      <edge source="1" target="4"/>
      <edge source="1" target="2"/>
      <edge source="1" target="3"/>
      <edge source="2" target="3"/>
      <edge source="3" target="4"/>
      <edge source="4" target="2"/>
    </edges>
  </graph>
</gexf>

Ejemplo 3: Más complejo... Un grafo dinámico con atributos para nodos y vértices

Primero definimos los valores dinámicos

> time.nodes<-matrix(c(10.0,13.0,2.0,2.0,12.0,rep(NA,3)), nrow=4, ncol=2)
> time.nodes
     [,1] [,2]
[1,]   10   12
[2,]   13   NA
[3,]    2   NA
[4,]    2   NA

> time.edges<-matrix(c(10.0,13.0,2.0,2.0,12.0,1,5,rep(NA,5)), nrow=6, ncol=2)
> time.edges
     [,1] [,2]
[1,]   10    5
[2,]   13   NA
[3,]    2   NA
[4,]    2   NA
[5,]   12   NA
[6,]    1   NA

Ahora los atributos

# Definiendo Dataframes de atributos para nodos y edges

> node.att <- data.frame(letrafavorita=letters[1:4], numbers=1:4, stringsAsFactors=F)
> node.att
  letrafavorita numbers
1             a       1
2             b       2
3             c       3
4             d       4

> edge.att <- data.frame(letrafavorita=letters[1:6], numbers=1:6, stringsAsFactors=F)
> edge.att
  letrafavorita numbers
1             a       1
2             b       2
3             c       3
4             d       4
5             e       5
6             f       6

# Armando el grafo
> write.gexf(nodes=people, edges=relations, edgeDynamic=time.edges, edgesAtt=edge.att,
+      nodeDynamic=time.nodes, nodesAtt=node.att)

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gexf xmlns="http://www.gexf.net/1.2draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.gexf.net/1.2draft http://www.gexf.net/1.2draft/gexf.xsd" version="1.2">
  <graph mode="dynamic" start="1" end="13" timeformat="double" defaultedgetype="undirected">
    <attributes class="node" mode="static">
      <attribute id="att1" title="letrafavorita" type="string"/>
      <attribute id="att2" title="numbers" type="integer"/>
    </attributes>
    <attributes class="edge" mode="static">
      <attribute id="att1" title="letrafavorita" type="string"/>
      <attribute id="att2" title="numbers" type="integer"/>
    </attributes>
    <nodes>
      <node id="1" label="juan" start="10" end="12">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="a"/>
          <attvalue for="att2" value="1"/>
        </attvalues>
      </node>
      <node id="2" label="pedro" start="13">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="b"/>
          <attvalue for="att2" value="2"/>
        </attvalues>
      </node>
      <node id="3" label="matthew" start=" 2">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="c"/>
          <attvalue for="att2" value="3"/>
        </attvalues>
      </node>
      <node id="4" label="carlos" start=" 2">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="d"/>
          <attvalue for="att2" value="4"/>
        </attvalues>
      </node>
    </nodes>
    <edges>
      <edge source="1" target="4" start="10" end=" 5">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="a"/>
          <attvalue for="att2" value="1"/>
        </attvalues>
      </edge>
      <edge source="1" target="2" start="13">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="b"/>
          <attvalue for="att2" value="2"/>
        </attvalues>
      </edge>
      <edge source="1" target="3" start=" 2">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="c"/>
          <attvalue for="att2" value="3"/>
        </attvalues>
      </edge>
      <edge source="2" target="3" start=" 2">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="d"/>
          <attvalue for="att2" value="4"/>
        </attvalues>
      </edge>
      <edge source="3" target="4" start="12">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="e"/>
          <attvalue for="att2" value="5"/>
        </attvalues>
      </edge>
      <edge source="4" target="2" start=" 1">
        <attvalues>
          <attvalue for="att1" value="f"/>
          <attvalue for="att2" value="6"/>
        </attvalues>
      </edge>
    </edges>
  </graph>
</gexf>

Más ejemplos de la vida real en http://www.nodoschile.org/visualizaciones/

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